1999년 10월 열린 공동의회에서 신학교와 세종한글학교의 재정관리 의혹이 공식 제기됐다. 공동의회 참석자는 “김택용 목사는 신학교는 1,000 달러 밖에 없으며 재정관리의 아무런 부정이 없다"고 주장했으나 은퇴전 4개의 신학교 CD 계좌(아카시아, 유나이티드, 체비 체이스, 크레스타)와 1개의 수표계좌(크레스타)를 통해 총 13만5,000달러를 교회에 제출했다. 이후 김목사는 "신학교에 1,000달러 밖에 없다고 한 적이 없다"고 해명했다.

정년 퇴직 1년을 앞두고 조기 은퇴하게된 김목사는 교회로부터 퇴직금으로 15만여 달러를 받았으며 이에 대한 조건으로 일체의 재정 서류를 교회로 반납키로 했으나 당시 당회원들은 이 약속이 이행되지 않고 있다고 주장하고 있다.

당시 당회는 서류를 반납하지 않는 한광수 장로의 당회 자격을 박탈하고 수찬정지 처분을 내렸으나 전권위원회는 임시당회장이 없는 상황에서 내려진 시무장로 치리 결정은 불법이라고 선언했다.